Facultés:Nagato est le premier personnage de Naruto à user de télépathie, notamment dans le but de rassembler les membres de l'Akatsuki. Il semblerait qu'ils aient un jutsu commun leur permettant d'apparaître sous forme d'ombres dans leur repaire. Pain peut également invoquer le réceptacle géant pour les Bijuus et connaît le moyen de les sceller dans ce même réceptacle.
Mais sa technique la plus notable consiste à se servir d'un corps et, grâce au chakra d'un allié, de créer un clone particulièrement réaliste de l'allié lui permettant d'utiliser la plupart de ses jutsu à l'exception des techniques héréditaires. Naruto, Sakura, Kakashi, Chiyo, Neji, Lee, Tenten et Gaï ont affaire à cette technique dans le tome 29.
Une particularité des corps composant Nagato est que ces derniers portent des piercings très résistants faisant office de récepteur de chakra et ils peuvent sécréter un bâton noir capable de perturber le chakra de l'adversaire quand celui-ci est touché.
Nagato possède 6 corps ( des cadavres récupérés ), maîtrisant parfaitement un type de manipulation de chakra. Le corps qu'il utilise habituellement avec les autres membres de l'Akatsuki est celui de Yahiko ( aujourd'hui Tendou ).
Celui possédant une queue de cheval ( du Clan Fuuma, aujourd'hui Chikushoudou ) peut utiliser des invocations ( on apprend que c'est le premier adversaire que Jiraya a affronté ), y compris invoquer les 5 autres corps de Nagato.
Le plus gros de ces corps ( anciennement un ninja de Kusa, aujourd'hui Gakidou ) peut absorber tout type de ninjutsu, y compris les plus puissants ( le Rasengan géant et surpuissant de Jiraiya ).
De plus, les corps invoqués par Nagato possèdent tous le Rinnegan et partagent leur vision. Par conséquent, Nagato serait capable de voir des différents angles vus par chacun des cadavres qu'il invoque. Chacun des corps correspond en fait à celui de personnes que Jiraya a rencontrées et affrontées lors de son périple à travers le monde. On en apprend un peu plus sur le corps ayant arraché le bras de Jiraya ( Shuradou ). Il peut apparemment séparer ses membres ( il détache son poignet dans le chapitre 383 ). Cette faculté est liée à la présence de lance-missiles à l'intérieur de ses bras.
Nagato ( corps de Tendou ) a réussi à savoir que Jiraya entrait dans la zone du village d'Ame rien que par le fait que ce dernier ait un contact avec la pluie. On pourrait donc penser que ce corps a une relation avec les effets météorologiques.
Dernièrement, on a appris la signification du message laissé par Jiraya avant sa mort, à propos de l'identité de Nagato. Selon ce dernier, "le vrai Pain n'est pas parmi eux", "eux" désignant sans doute les différents corps. A suivre donc, d'autant plus que Nagato s'apprête à attaquer Konoha afin d'y capturer Kyuubi, et donc tuer Naruto, pendant que Sasuke Uchiwa s'occupe de l'autre Bijuu, Hachibi. Dans le chapitre 407, on découvre un septième corps de Nagato pour remplacer celui qui a été capturé par Jiraya, qui est une fille. Le vrai on ne l'a toujours pas vu.
Chaque corps de Nagato possède un nom, que les ninjas d'origine ne possédaient probablement pas:
-Tendou ( Royaume du Dieu ): Corps principal, probablement celui de Yahiko.
- Chikushoudou ( Royaume Animal ): Invocateur, ( ancien corps du clan Fuuma, nouveau corps féminin, amené récemment à Nagato ).
- Gakidou ( Royaume du Fantôme Affamé ): Absorbeur de Ninjutsu, ( anciennement ninja de Kusa ).
- Ningendou ( Royaume Humain ): Le corps aux longs cheveux que Jiraiya avait frappé, ce qui l'avait temporairement rendu aveugle, ( anciennement ninja de Taki ).
- Shuradou ( Royaume Démoniaque ): Le corps ayant broyé la gorge de Jiraiya.
-Jigokudou ( Royaume de l'Enfer ). Le corps restant.
Chacunes de ces identités à une ou des aptitudes particulières:
- Tendou contrôle la pluie, invoque la statue d'extraction, utilise le Shouten No jutsu. Au chapitre 420, Kakashi s'interroge sur la véritable nature du souffle dégagé par Tendou, qui a réduit en poussière tout ce qu'il y avait autour de lui. Ce corps possède aussi la faculté d'attirer à lui ses ennemis. On sait depuis le chapitre 423 que cette faculté est en réalité le contrôle de la gravité et des forces de répulsion.
- Chikushoudou semble n'utiliser que des invocations. ( Chimère, chien, écrevisse, mille-pattes, oiseau, autres corps. )
- Gakidou absorbe les Ninjutsu.
- Ningendou semble maîtriser des techniques relatives à l'âme ( l'esprit ). ( Il lit dans les pensées d'un ninja pour avoir des renseignements sur l'endroit où se trouve Naruto, mais, n'en retirant rien, il arrache l'âme du ninja en tirant simplement dessus ).
- Shuradou possède une sorte de dispositif lance-missiles à l'intérieur de ses bras. C'est sûrement pour cela qu'il peut détacher ses poignets. Les missiles sont lancés en l'air et retombent en pluie, causant beaucoup de dégâts. Il semble également posséder une grande force, lançant carrément Chikushoudou au dessus de Konoha. Cette force est sûrement liée à la présence du lance-missiles, qui n'est autre qu'une grande chaîne de métal sur lequel sont disposés de nombreux petits missiles coniques. La chaîne ( donc pas d'os ) pourrait expliquer la force colossale de Shuradou. Une autre capacité de ce corps est sa tête, qui peut s'ouvrir en six parties. On constate alors la présence d'une sorte d'étrange cerveau, par lequel Shuradou tire un rayon laser dévastant plusieurs maisons en un seul tir ! On découvre au chapitre 422 que Shuradou possède en réalité 4 visages ( aux expressions différentes ), six bras, et, dans son dos, une sorte de longue bande de papier dont les bords sont dentelés. Il s'en sert pour transpercer le clone d'éclairs de Kakashi. Shuradou se fait écraser juste après par la technique du décuplement de poids ( la main ) de Choze Akimichi. Il intervient brièvement au chapitre 423 en prenant le Chidori à la place de Tendou, ce qui le casse en deux. Pourtant, cela ne l'empêche pas d'essayer d'arrêter Choji en tirant un dernier missile. Cependant, Kakashi, à l'aide de son Sharingan, le fera disparaître avant qu'il ne touche l'Akimichi. Shuradou met également en valeur la volonté du feu ( "Vous n'abandonnez jamais, hein..." ).
- Les capacités de Jigokudou semblent résider dans le Genjutsu ( chapitre 422, il fait apparaître un monstre pour faire avouer à un ninja de Konoha où est Naruto ). Il semble également pouvoir ressuciter les autres Pain ( même si la seule chose que l'on voit faire est de retirer les énormes épées de Jiraiya des corps de Gakidou, Chikushoudou et Ningendou ).
On constate également que, lorsque Tendou explique le plan d'attaque de Konoha, il parle de lui à la troisième personne.
Les six corps sont vraisemblablement contrôlés par des ondes de Chakra. Les piercings reçoivent le Chakra et permettent sûrement aux corps de se mouvoir ( chapitre 421 ). Nagato utilise des corps morts, apportés par des ninjas du village de la pluie. Cependant, les ninjas apportant les corps ne se doutent pas que Nagato réside dans le bâtiment devant lequel ils déposent les cadavres ( c'est Konan qui semble se charger des corps par la suite ). Ils croient à un tombeau, mais les familles des victimes ne peuvent voir les corps ( "Défense d'entrer" écrit sur le grillage de la tour ). Pourtant, le ninja prétend que des rumeurs circulent comme quoi Nagato résiderait dans le bâtiment, mais son compagnon ne le croit pas.